La reserva alberga importantes ecosistemas como son los petenes, hábitats complejos de islas de vegetación variada que solo se encuentran en la Península de Yucatán, en Cuba y en la Península de Florida. Por ello, la región es considerada como un área biogeográfica única en nuestro país.

En los petenes crecen diferentes especies arbóreas:

  • Chechén
  • Caoba
  • Higuera
  • Zapote
  • Palma chit
  • Manglares de diferentes géneros

En cuanto a su patrimonio arqueológico, dentro de los límites de la Reserva se localiza la Isla Jaina, un importante sitio arqueológico costero maya. Existen también otros 15 sitios de menor desarrollo. En la zona de influencia se localiza la principal comunidad de origen maya de la región norte del Estado.

En febrero del 2004 se declaró como sitio RAMSAR No. 354, reconociéndose su valor como un humedal de importancia internacional.